آیت الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب، در پیامی درگذشت آقای محمد مهرآئین را تسلیت گفتند. متن این پیام آمده است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت مرحوم مغفور آقای محمد مهرآئین را به خانواده‌ی گرامی و بازماندگان و دوستان و همرزمان ایشان تسلیت عرض میکنم. آن مرحوم از مبارزان دیرین و پدر گرامی دو شهید عزیز و از عناصر با وفا و خدوم انقلاب در طول زندگی خود بودند. رحمت و مغفرت الهی را برای ایشان مسألت میکنم.
سیّد علی خامنه‌ای
۱۰ بهمن ۱۳۹۷
